Pero fue en 1971 cuando Nathanson se involucró directamente en la práctica de abortos. Las primeras clínicas abortistas de Nueva York comenzaban a explotar el negocio de la muerte programada, y en muchos casos su personal carecía de licencia del Estado o de garantías mínimas de seguridad. Tal fue el caso de la dirigida por el Dr. Harvey. Las autoridades estaban a punto de cerrar esta clínica cuando alguien sugirió que Nathanson podría ocuparse de su dirección y funcionamiento. Se daba la paradoja increíble de que, mientras estuvo al frente de aquella clínica, en aquel lugar existía también un servicio de ginecología y obstetricia: es decir, se atendían partos normales al mismo tiempo que se practicaban abortos.
Por otra parte, Nathanson desarrollaba una intensa actividad, dictando conferencias, celebrando encuentros con políticos y gobernantes de todo el país, presionándoles para lograr que fuese ampliada la ley del aborto."Estaba muy ocupado. Apenas veía a mi familia. Tenía un hijo de pocos años y una mujer, pero casi nunca estaba en casa. Lamento amargamente esos años, aunque sólo sea porque he fracasado en ver a mi hijo crecer. También era un paria en la profesión médica. Se me conocía como el rey del aborto", afirmó.
Durante ese periódo, Nathanson realizó más de 60.000 abortos, pero a finales de 1972, agotado, dimitió de su cargo en la clínica."He abortado a los hijos no nacidos de amigos, colegas, conocidos e incluso profesores. Llegué incluso a abortar a mi propio hijo", lloró amargamente el médico, quien explicó que a la mitad de la década de los sesenta "dejó encinta a una mujer que lo quería mucho. (.) Ella quería seguir adelante con el embarazo pero él se negó. Puesto que yo era uno de los expertos en el tema, yo mismo realizaría el aborto, le expliqué. Y así lo hice", precisó.Sin embargo, a partir de ese suceso las cosas empezaron a cambiar.
Dejó la clínica abortista y pasó a ser jefe de obstetricia del Hospital de St. Luke´s. La nueva tecnología, el ultrasonido, hacía su aparición en el ámbito médico. El día en que Nathanson pudo observar el corazón del feto en los monitores electrónicos, comenzó a plantearse por vez primera "qué era lo que estábamos haciendo verdaderamente en la clínica".Decidió reconocer su error.
En la revista médica The New England Journal of Medicine, escribió un artículo sobre su experiencia con los ultrasonidos, reconociendo que en el feto existía vida humana. Incluía declaraciones como la siguiente: "el aborto debe verse como la interrupción de un proceso que de otro modo habría producido un ciudadano del mundo. Negar esta realidad es el más craso tipo de evasión moral".
